Hola cyfuss

Estoy haciendo mi tesis doctoral con latex porque el tratamiento de las formulas matematicas y graficas la gestiona mejor que con cualquier otro editor pero ahora tengo un problema que no se como resolverlo y es que las tildes y las 'ñ' no las entiende y me las cambia por diferentes simbolos. Sabes como puedo solucionarlo?. Las estoy escribiendo con emacs, miktex y windows.

Muchas gracias