Uno de los problemas que tenemos que sufrir los usuarios de linux y windows, aparte de la compatibilidad entre las aplicaciones, es la compatibilidad entre el formato de las particiones. Me ha pasado en varias ocasiones que las particiones no se han podido comprobar en alguno de los 2 sistemas, ya sea en Windows XP o Linux, así que la forma que he encontrado para solucionarlo ha sido formatear la partición desde windows XP, para estas cosas linux se comporta como un campeón.
Los pasos han sido:
Eso si, lo formateamos con FAT32 para facilitar compartir los datos en los 2 sistemas y la unidad es 'd:' porque cuando creamos la particion dejamos 'd' como letra de la unidad.